水族箱里诞生了4条小鱼，其中包括哈罗德的女儿伊莎贝尔。伊莎贝尔的身上长着不好看的斑点还缺失了一些鳞片，她的长相遭到鱼群的其他成员嘲笑。鱼群首领瑟斯顿要求哈罗德必须把伊莎贝尔藏起来否则被人来发现将会把他们丢进大海里。贪玩的伊莎贝尔还是被人类发现了，她和哈罗德一起被丢进浩瀚无边的大海里。海上突如其来的巨大风浪使得水族箱里的鱼都掉进大海,一时之间，伊莎贝尔和哈罗德失散了。伊莎贝尔偶遇了艾普尔并结识了一群长相奇特的鱼，它们皆因外在缺陷被同族排挤。在艾普尔的带领下，伊莎贝尔和其它鱼准备穿越火山抵达珊瑚礁寻找哈罗德。另一边，哈罗德在海黄瓜卡尔的陪同下找寻女儿未果，伤心欲绝，随鱼群离去。成功穿越火山的伊莎贝尔在珊瑚礁与哈罗德相遇，而珊瑚礁女王的出现更令父女惊喜，原来女王竟是伊莎贝尔的妈妈。一家人欢聚在一起。
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